仕入税額控除を否認されたら｜インボイス・帳簿と対応手順 ｜神戸市（須磨・垂水・西神・北神）の弁護士｜初回相談無料｜

税務調査で「この仕入れは控除できない」と指摘された、修正申告を勧められた、消費税の還付が入金されない――仕入税額控除をめぐる問題は、このような形で表面化します。

取引が実在し代金を支払っていても、それだけで控除が認められるわけではありません。他方で、請求書の記載に不備があっても、直ちに全額が控除できなくなるとは限りません。まず、否認の理由が取引の実在、課税区分・計上時期、帳簿と請求書等の記載、保存、調査での提示・提出のどこにあるのかを、取引と課税期間ごとに特定し、適法な訂正・特例・経過措置で補える部分と、手続で争う部分とを分けて検討します。

以下は、国内取引について一般課税で申告した中小企業・個人事業主の方に向けて、調査で指摘を受けた段階から更正などの処分を受けた後までの確認事項を整理したものです。説明は令和５年（２０２３年）１０月１日以後の取引に適用される現在の制度（適格請求書等保存方式）を前提とし、それより前の取引は当時の制度で判断します。結論は、取引の内容と資料の状況によって異なります。

仕入税額控除の否認は、まず理由と手続の段階を分ける

一般課税の事業者が仕入税額控除を受けるには、課税仕入れ等に当たることに加えて、原則として、法定の事項を記載した帳簿と請求書等の両方を保存していることが必要です（消費税法第３０条第１項・第７項、国税庁による帳簿・請求書等の保存要件の解説）。保存がない場合に控除が認められないのは、保存がない課税仕入れ等に係る税額です。災害その他やむを得ない事情で保存できなかったことを事業者が証明した場合は例外とされていますが（同条第７項ただし書）、単なる紛失や受け取り忘れが当然にこれに当たるわけではありません。「取引は本物だから控除できるはずだ」という説明だけでは結論は出ないため、どの要件が問題とされ、手続がどの段階にあるのかを最初に確認します。

還付の保留と否認処分は同じではない

還付申告の内容に確認が必要と認められる場合、国税当局は還付金の支払をいったん保留し、行政指導として資料の提出を求めたり、税務調査を行ったりすることがあります（国税庁「消費税還付申告に関する国税当局の対応」）。入金がないことだけで、控除が否認されたと決まったわけではありません。保留が長引く場合も、その性質や当否は経過を踏まえて個別に検討します。

行政指導としての資料提出の依頼と税務調査は区別され（国税庁「税務調査手続に関するＦＡＱ（一般納税者向け）」）、段階によって取れる手続と期限が異なります。まず、次のどの段階にあるかを確認してください。

• 資料の提出依頼（行政指導）又は税務調査を受けている段階（どちらに当たるかは担当者に確認します）
• 調査結果の説明を受け、修正申告を勧められた段階
• 更正などの処分の通知書を受け取った段階

否認理由を５つに分ける

指摘の内容は、次の５つのどれに当たるかで整理すると、確認すべき資料と対応が見えやすくなります。理由が重なることもあるため、取引ごと・課税期間ごとに確認します。

課税仕入れに当たる取引でも、その課税期間の課税売上高が５億円を超える場合や課税売上割合が９５％未満の場合は、個別対応方式又は一括比例配分方式で計算するため、控除できる額が制限されることがあります（国税庁による仕入控除税額の計算方法の解説）。簡易課税制度は売上げに係る税額を基礎に計算する別の仕組みで、一般課税と同じ否認・還付の計算はできません。否認の原因が外注費と給与の区別や、居住用賃貸建物・輸出免税といった個別の制度にある場合は、その制度に即して別に検討します。

帳簿・インボイス・取引実態を１件ずつ照合する

否認の対象となった取引は、帳簿の記載を起点に、発注、納品、検収、支払までの資料を１件ずつ対応づけます。社内で照合表を作るなら、取引ごとに番号を付け、「税務署の指摘」「自社の説明」「裏付けとなる資料」「不足している点」を分けて書き出すと、争いのない部分と争う部分を区別しやすくなります。照合表は作業上の工夫で、法律が求める書類ではありません。元の資料は上書きせず、作成・整理した日も実際の日付で残します。

帳簿と請求書で確認する事項

帳簿には、相手方の氏名又は名称、取引年月日、取引の内容（軽減税率の対象であればその旨）、支払対価の額を記載します（消費税法第３０条第８項第１号）。適格請求書（インボイス）の記載事項は、発行者の氏名又は名称と登録番号、取引年月日、取引の内容（軽減税率の対象であればその旨）、税率ごとに区分した対価の合計額と適用税率、税率ごとの消費税額等、交付を受ける事業者の氏名又は名称です（同法第５７条の４第１項）。

小売業など、不特定かつ多数の者に資産の譲渡等を行う一定の事業で交付される適格簡易請求書では、交付を受ける事業者の氏名又は名称は記載事項ではなく、適用税率と消費税額等はいずれか一方の記載で足ります（同法第５７条の４第２項）。書類の種類を確かめずに「宛名がないから控除できない」と判断するのは正確ではありません（国税庁による保存する帳簿・請求書等の記載事項の解説）。

記載事項は、請求書と納品書のように相互の関連が明確な複数の書類を合わせて満たすこともできます（国税庁のインボイス制度資料）。関連の明らかでない書類を寄せ集めれば足りるわけではなく、請求書をつづっただけで帳簿の保存に常に代わるわけでもありません。

登録番号をもとに、国税庁の公表サイトで適格請求書発行事業者の登録情報を確認することができます。現在の検索結果だけでなく、取引の時点で登録されていたかを確認してください。

送金記録と納品・業務実施の資料をつなぐ

振込みの記録は、お金が動いたことは示しますが、それだけでは、誰から、何の給付を、いつ受けたのかまで十分には示せません。給付の内容・相手方・時期は、契約書、発注書、納品書、検収記録、成果物、当時のメールなどで裏付けます。

また、実質が給与等に当たる支払、非課税取引、事業と関係のない支出は、請求書や送金の記録があっても課税仕入れになりません（国税庁による仕入税額控除の対象の解説）。指摘が「取引がない」「取引はあるが課税仕入れに当たらない」「計上する課税期間が違う」のどれかによって、集める資料が変わります。

電子データは保存と提出方法を分けて確認する

電子データで受け取った適格請求書は、そのデータを整然とした形式で明瞭に出力した書面を保存することで、消費税の請求書等の保存要件を満たす取扱いがあります（国税庁「電子で受領したインボイスの保存」）。他方、所得税・法人税の保存義務者には、電子帳簿保存法による電子取引データの保存が別に求められます。出力した紙しか残っていないから消費税の控除が当然に否認されるわけでも、紙に出力すれば元の電子データを消してよいわけでもないため、元のデータと保存・取得の履歴を残しておきます。

保存期間は、原則として、帳簿は閉鎖の日、請求書等は受領した日の属する課税期間の末日の翌日から２か月を経過した日から７年間です。６年目と７年目は帳簿と請求書等のいずれか一方の保存で足りる取扱いがありますが（前記の国税庁による保存要件の解説）、他の法令による保存義務や、争いが続く間の証拠の保全も考えて廃棄を判断してください。

調査について必要があるときは、税務職員は帳簿書類その他の物件を検査し、その提示又は提出を求めることができます（国税通則法第７４条の２第１項）。電子データの「提示」は画面上で内容を確認できる状態にすること、「提出」は印刷した書面や記録媒体へのコピー、ｅ－Ｔａｘなどで渡すことと説明されています（前記の国税庁ＦＡＱ）。

修正交付・特例・経過措置で補える範囲を確認する

記載に不備があるときは、不備の種類に応じて、売手からの修正交付、帳簿のみで控除できる取引、少額特例、経過措置を検討します。

国税庁は、前記のインボイス制度資料（令和８年５月。該当する頁は令和５年８月の関係府省庁会議の資料に基づくもの）で、軽微な記載不備を目的とした調査は行っておらず、調査の過程で把握した軽微な不足などには、他の関連書類による確認や修正したインボイスの交付で対応する運用を説明しています。ただし、法定の要件を免除するものではなく、取引の実態に疑いがある場合や保存・提示がない場合まで許容する趣旨でも、個別の指摘の撤回を約束するものでもありません。

売手の修正交付と確認済み仕入明細書

受け取った適格請求書に誤りがあった場合、買手が自分で書き直すことは原則として認められず、売手に修正した適格請求書の交付を求めます。売手には、記載事項に誤りがあったときに修正した適格請求書を交付する義務があります（消費税法第５７条の４第４項・第５項）。

このほか、必要な事項を記載した仕入明細書等を買手が作成し、売手の確認を受けて保存する方法があります（同法第３０条第９項第３号）。受け取った書類に修正事項を記載し、その修正事項について売手の確認を受けて、仕入明細書等にも当たる書類とする方法も、国税庁は認めています（国税庁「記載誤りがあるインボイスへの対応」）。元の書類、訂正の内容、確認を受けた日と方法は記録しておきます。

もっとも、修正交付の仕組みがあることと、過去の不保存や不提示が後から当然に解消されることとは、区別して考える必要があります。否認後に書類を入手・訂正した場合の効果は、元の書類の有無と保存の状況、不備の内容、取得した時期、調査での対応、申告・処分の段階を確認して、個別に判断されます。

帳簿のみで足りる取引と少額特例

請求書等の交付を受けることが難しい一定の取引は、帳簿の保存だけで控除できます。たとえば、税込３万円未満の公共交通機関による旅客の運送や、従業員等に支給する出張旅費等のうち通常必要と認められるものです。帳簿に必要な事項を記載することが前提で、「３万円未満の支出なら請求書は要らない」という意味ではありません。

少額特例は、基準期間の課税売上高が１億円以下、又は特定期間の課税売上高が５，０００万円以下の事業者が、令和５年（２０２３年）１０月１日から令和１１年（２０２９年）９月３０日までに国内で行う税込１万円未満の課税仕入れについて、一定の事項を記載した帳簿の保存だけで控除を認める制度です（国税庁「少額特例の要件」）。

• １万円未満かどうかは、商品１点ごとや月の合計ではなく、１回の取引ごとに判定します（国税庁「１万円未満の判定単位」）。ちょうど１万円の取引は対象外です。
• 特定期間の判定は課税売上高で行い、給与等の支払額では代えられません。
• 仕入先が適格請求書発行事業者でない場合も対象となり得ます。帳簿に特例の適用を書き加える必要はありません。
• 設立間もない法人で基準期間がない課税期間なども、一律に対象外となるわけではないため、個別に確認します。

取引時期に応じた経過措置

適格請求書発行事業者以外の者（消費者、免税事業者、登録を受けていない課税事業者。以下「免税事業者等」といいます）からの課税仕入れは、原則として控除できませんが、経過措置により、仕入税額相当額の一定割合を控除できます。割合は、課税仕入れを行った時期によって次のとおりです。

情報基準日（令和８年（２０２６年）１０月１７日）の時点で新たに行う課税仕入れには７０％が適用されますが、令和８年（２０２６年）９月３０日までに行った課税仕入れには８０％が適用されます。いずれも仕入代金ではなく、仕入代金に含まれる消費税相当額に対する割合です。割合は請求書の発行日や支払日ではなく、原則として、商品は引渡しの日、役務は約した役務の全部を完了した日で判定します（国税庁「２０２６年１０月前後の取引時期の判定」）。取引の内容によっては時期に関する特例があるため、個別に確認します。

経過措置を受けるには、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等と、経過措置の適用を受ける旨などを記載した帳簿の保存が必要です（国税庁「免税事業者等からの仕入れに係る経過措置」）。免税事業者等から受け取った請求書等に、軽減税率の対象である旨や税率ごとに区分して合計した税込価額の記載がない場合は、買手がこれらを追記して保存することが認められています。認められるのはこれらの事項の追記に限られ、適格請求書を買手が無断で修正することとも異なります。

適格請求書発行事業者から受け取った請求書に登録番号の記載がないなど、適格請求書として扱えない場合でも、区分記載請求書等の記載事項と帳簿の保存などの要件を満たせば、経過措置の適用を検討できます（国税庁「適格請求書発行事業者からの課税仕入れに係る経過措置の適用」）。

一の免税事業者等からの課税仕入れには上限もあり、その年又は事業年度の合計額（税込み）について、令和６年（２０２４年）１０月１日から令和８年（２０２６年）９月３０日までの間に開始する課税期間は１０億円、令和８年（２０２６年）１０月１日以後に開始する課税期間は１億円を超える部分に適用できません。割合は課税仕入れの時期で、上限は課税期間の開始日で判定します。

税務調査での提示・提出が争点になった場合

帳簿や請求書等を保管しているだけでは十分といえない場合があります。調査の際、求めに応じて適時に確認できる状態にあったか、実際にどう対応したかという経過が問題になるためです。

最高裁判決から確認すべきこと

最高裁判所第一小法廷平成１６年１２月１６日判決（平成１３年（行ヒ）第１１６号・民集５８巻９号２４５８頁）は、平成２年の課税期間について、税務職員が日程を調整したうえで５回にわたり訪れて帳簿書類の提示を求めたのに対し、事業者が接待交際費に関する領収書以外の提示に応じなかった事案です（最高裁平成１６年１２月１６日判決）。最高裁は、提示の求めに特に違法な点はなく、応じ難い格別の理由もなかったとしたうえで、帳簿又は請求書等を整理し、税務職員の検査の際に適時に提示できるよう態勢を整えて保存していなかった場合は、当時の消費税法第３０条第７項の「保存しない場合」に当たり、災害その他やむを得ない事情により保存できなかったことを証明しない限り、保存がない課税仕入れについて控除は認められないと判断しました。

もっとも、この判決は、帳簿「又は」請求書等の保存を求めていた平成６年法律第１０９号による改正前の消費税法に関するもので、現行の帳簿「及び」請求書等の要件、インボイスの訂正、電子データの保存、１回だけの提出の遅れといった問題を直接判断したものではありません。確定した最高裁判所の判断ですが、現在の事案の結論は、求められた内容と対応の経過を踏まえて個別に判断されます。

直ちに出せない資料があるときの対応

資料をすぐに出せない場合は、理由と対応予定を説明し、担当者と提示・提出の方法を協議します。経過は次の事項を記録しておくと、後の判断や説明の材料になります。

• 求められた日時、資料、対象期間、提示・提出の方法
• 担当者からの説明と、こちらからの説明の内容
• 提示・提出した資料の範囲（提出物の控えを残します）
• まだ出せていない資料とその理由、代わりに確認してもらえる方法、対応予定日

ただし、予定日を伝えたことで提示・提出の求めに応じなくてよくなるわけではありません。担当者と提出方法を取り決めたことと、法定の保存要件を満たすこととも区別が必要です。調査の事前通知を受けた段階からの準備は「税務調査の事前通知を受けたときの準備」で解説しています。

課税期間別に再計算し、争う範囲と手続を決める

否認の範囲が見えてきたら、課税期間ごとに、対象取引、本税、加算税・延滞税を分けて整理し、争いのない部分と争う部分を区別します。控除が否認されたことだけで不正な還付や脱税と評価されるわけではなく、本税、加算税、延滞税、刑事責任はそれぞれ別に検討します。

全額否認・一部控除・時期の違いを再計算する

全額が控除できない場合、経過措置の割合だけ控除できる場合、計上する課税期間がずれている場合とでは、税額への影響が異なります。取引日、適用税率、控除の計算方式、経過措置の割合を反映させ、課税期間ごとに計算し直します。

修正申告前・修正申告後・処分後で手続は異なる

調査の結果、更正等をすべきと認める場合、職員はその額と理由を含む調査結果の内容を説明します（国税通則法第７４条の１１第２項）。説明は原則として口頭で行われ、求めれば否認の理由を記載した書面が当然に交付される仕組みではないため（前記の国税庁ＦＡＱ）、対象の取引、課税期間、金額、理由と根拠を確認し、説明の内容を記録してください。調査中の口頭の説明と、処分の通知書に記載される理由とは区別して扱います。

修正申告の勧奨に応じるかどうかは任意ですが、応じない場合は、調査結果に基づいて更正等の処分が行われることになります（前記の国税庁ＦＡＱ）。職員は、勧奨の際に、修正申告をすると不服申立てはできないが更正の請求はできる旨を説明し、その旨を記載した書面を交付することとされています（国税通則法第７４条の１１第３項）。応じる前に、証拠と税額を確認します。

更正の請求は、原則として法定申告期限から５年以内にする必要があります（国税通則法第２３条第１項）。請求には理由を裏付ける資料が必要で、請求できることと認められることは別です。後発的な理由による更正の請求の特則は別に検討が必要で、請求書等を後から入手しただけで期限が当然に延びるわけではありません（国税庁「消費税の更正の請求手続（法人）」「消費税の更正の請求手続（個人事業者）」）。

処分を受けた場合は、通知書を受け取った日を確定させて期限を管理します（国税通則法第７５条・第７７条、国税不服審判所「不服申立ての手続と期限」）。税務署への電話での抗議、担当者との協議、資料の収集を続けていることを理由に法定の期限が延びることはなく、正当な理由がある場合の例外を前提に動くことも避けます。提出先は、通知書に記載された処分庁と不服申立ての案内で確認します。

納付と資金繰りは別に確認する

不服申立てをしても、それだけで処分の効力や執行、手続の続行は止まりません（国税通則法第１０５条第１項）。差し押さえた財産の換価は、原則として不服申立ての決定又は裁決があるまで行うことができないとされていますが（同項ただし書）、それ以外の手続は進み得ます。更正の請求をしても、原則として徴収は猶予されません（同法第２３条第５項）。争うことと納付・資金繰りの判断は分けて検討し、一度に納付することが難しい場合は、猶予の制度も含めて早めに確認してください。

相談前に整理したい資料と相談の進め方

資料がすべてそろうまで相談を待つ必要はありません。処分の通知を受けている場合は、期限の確認を優先してください。次の資料のうち、手元にあるものから整理しておくと、否認の範囲と争点を早く確認できます。

• 処分の通知書と、受け取った日が分かるもの（封筒を含みます）
• 対象の課税期間の申告書・付表、修正申告をした場合はその控え
• 指摘を受けた取引の一覧と、税務署の説明（対象・金額・理由）のメモ
• 対象取引の帳簿、請求書等、契約書・発注書・納品書・検収記録・送金の記録
• 電子データで受け取った請求書等の元データと保存場所
• 提示・提出を求められた日時・内容と、こちらの対応の記録

顧問税理士がいる場合も、税理士による申告や調査への対応と並行して、否認理由の法的な検討、証拠の整理、修正申告に応じるかどうかや不服申立ての方針について、弁護士にご相談いただけます。税務調査での関与の仕方は「税務調査での弁護士・公認会計士・税理士の役割」で解説しています。

相談の方法と条件は「初めての方へ（相談方法と相談条件）」、費用は「弁護士費用」のページで確認できます。