税務調査の事前通知が来たら｜中小企業がまず確認すべきこと ｜神戸市（須磨・垂水・西神・北神）の弁護士｜初回相談無料｜弁護士法人ひょうご支所神戸みらい法律会計事務所

ある日、税務署から「税務調査に伺いたい」という電話が入ると、多くの経営者や経理担当者は戸惑います。何を準備すればよいのか、顧問税理士に任せておけば足りるのか、もし修正申告を求められたらどう対応すべきか——不安が先に立つのは自然なことです。

この記事では、税務署や国税局から税務調査の事前通知を受けた中小企業を想定し、事前通知の内容、準備しておきたい資料、調査当日の受け答え、修正申告や不服申立ての流れを、国税庁などの公式情報をもとに整理します。結論から言えば、大切なのは「慌てて資料を作り替えないこと」と「対象となる税目・期間・日時などを正確に把握し、顧問税理士や必要に応じて弁護士・公認会計士と連携して準備を進めること」です。

なお、税務や法律上の取扱いは個別の事情によって結論が変わります。具体的な判断は、資料を確認したうえで、顧問税理士や弁護士にご相談ください。

事前通知で確認したいこと（全体像）

税務調査の事前通知は、通常は電話で行われます。まずは、次の項目を落ち着いて確認し、メモに残してください。担当調査官の氏名や連絡先も控えておくと、その後のやり取りがスムーズです。

これらは、国税通則法第７４条の９（事前通知）で通知することとされている事項に沿ったものです。通知を受けた段階では、あくまで「これから調査を行う」という連絡であり、内容の当否が決まったわけではありません。

税務調査と事前通知の基礎知識

税務調査（任意調査）と質問検査権

一般的な税務調査は、調査官が質問検査権（国税通則法第７４条の２ほか）に基づいて、帳簿書類などを確認し、質問を行うものです。納税者には調査に協力することが求められますが、質問に対しては、分かる範囲で正確に答え、分からないことは資料を確認してから回答すれば足ります。

事前通知で通知される事項

実地の調査を行う場合、税務署等は、原則として、あらかじめ「実地の調査を行う旨」と、次の事項を通知することとされています（国税通則法第７４条の９第１項）。

調査を開始する日時や場所について、都合が悪いときは、合理的な理由を付して変更を求めることができ、税務署等はその協議に努めることとされています（同条第２項）。国税庁の法令解釈通達では、病気やけがによる入院、親族の葬儀などの事情、業務上やむを得ない事情などが、合理的な理由の例として挙げられています。具体的にどの程度認められるかは事案により異なります。

事前通知がされない場合があること

事前通知は原則ですが、申告や過去の調査結果の内容、事業内容などに関する情報から、正確な課税標準等の把握が困難になるおそれなどがあると認められる一定の場合には、事前通知をせずに調査が行われることがあります（国税通則法第７４条の１０）。どのような場合に当たるかは個別の判断によります。

顧問税理士がいる場合の通知

顧問税理士などの税務代理人がいる場合、事前通知は税務代理人にも行われます。税務代理権限証書に「調査の通知に関する同意」が記載されているときは、税理士に対して通知すれば足りることとされています。顧問税理士との間で、事前通知の受け方や同意の有無を確認しておくとよいでしょう。

税務調査のおおまかな流れ

調査終了の際の手続は、国税通則法第７４条の１１に定められています。全体の期間や進み方は、事業規模や論点によって異なります。

事前通知後に準備しておきたい主な資料

対象となる税目・期間・事業内容によって必要な資料は変わりますが、法人の調査で確認対象になりやすい資料には、次のようなものがあります。

中小企業で確認対象になりやすい主な論点

次のような項目は、税務調査で確認対象になりやすい論点です。いずれも「必ず問題になる」というものではなく、事実関係と資料により結論が変わります。

弁護士・公認会計士が関与できること

法律面から確認できること

税務調査は税務の手続ですが、役員・従業員・取引先との関係、事実認定、社内での説明の整理、調査後に紛争へ発展し得る場面など、法律的な観点からの整理が有効なことがあります。横領・背任、取引先とのトラブル、粉飾の疑いの指摘など、税務にとどまらない論点が絡む場合は、弁護士による検討が役立つ場面があります。

会計・財務面から確認できること

公認会計士の視点からは、帳簿・仕訳・勘定科目、資金移動、役員関連取引、内部統制などの観点から、資料の整理や事実関係の確認を支援できる場合があります。会計と税務、会社法上の論点を混同せずに整理することが、その後の対応方針の検討に役立ちます。

税務代理・税理士業務との関係（資格の確認が必要）

一方で、税務代理（税務署等に対する申告・申請や、調査・処分に関する主張・陳述の代理・代行）、税務書類の作成、申告の代理は、税理士法上の税理士業務であり、税理士登録をしているか、弁護士が所属弁護士会を経て国税局長に通知（通知弁護士）をしているかなど、資格・権限・委任の範囲を確認する必要があります。したがって、どこまでの対応が可能かは、担当する専門職の資格・登録・通知の状況や委任内容によって異なります。

顧問税理士との連携

顧問税理士がいる場合、弁護士・公認会計士が関与するときも、顧問税理士と対立するのではなく、役割分担と連携を前提とするのが実務的です。日常の税務は顧問税理士が担い、法的な論点や紛争の可能性がある部分を弁護士が、会計・財務の整理を公認会計士が補うといった形が考えられます。

調査当日の対応で意識したいこと

• 質問には、分かる範囲で正確に答える。
• その場で分からないことは即答せず、資料を確認してから回答する。
• 事実（起きたこと）と評価（どう考えるか）を分けて説明する。
• 求められた資料、回答した内容、次回までの宿題事項を記録しておく。
• 社内で、誰が主に受け答えをするかを決めておく。
• 資料の作り替え・後付け作成・廃棄・口裏合わせはしない。
• 判断に迷う点は、その場で確約せず、顧問税理士や弁護士に確認する。

修正申告を勧められたときに確認したいこと

調査の結果、指摘を受けて修正申告を勧められることがあります。修正申告に応じるかどうかは、指摘内容、根拠となる資料、税額、加算税や延滞税、そして不服申立てとの関係を確認したうえで判断する必要があります。

「修正申告をすれば必ず有利」「争えば必ず不利」と一概には言えません。加算税は、事前通知（調査通知）の前に自主的に修正申告をすれば過少申告加算税がかからず、通知後で調査による更正を予知する前であれば原則５％、調査で指摘を受けた後は原則１０％（一定額を超える部分は１５％）というように、タイミングによって割合が変わります。延滞税は本税を対象に、法定納期限の翌日から納付日までの期間に応じて課され、その割合は年によって異なります。具体的な金額や割合、手続の期限は、国税庁などの公式情報を確認したうえで判断してください。

手続の前に確認したいチェックリスト

事前通知を受けた直後

• 対象税目・期間・日時・場所・調査官の氏名を控えたか。
• 顧問税理士への通知の有無、連携の段取りを確認したか。
• 資料の作り替え・廃棄をしないことを社内で共有したか。

調査日の前

• 対象期間の帳簿・証憑がそろっているか確認したか。
• 受け答えの担当者と、回答方針を決めたか。
• 日程・場所の変更が必要なら、理由を添えて相談したか。

調査当日

• 分かる範囲で正確に答え、不明点は資料確認後に回答したか。
• 提示資料・回答内容・宿題事項を記録したか。

調査結果の説明後・修正申告の前

• 指摘の内容と根拠資料を確認したか。
• 税額・加算税・延滞税の見込みを把握したか。
• 修正申告と更正処分・不服申立ての関係を理解したか。

不服申立ての検討前

• 処分の理由と、争う場合の根拠資料を整理したか。
• 各手続の期限を確認したか。

弁護士への相談を検討したいタイミング

結果を保証するものではありませんが、次のような場面では、資料を確認したうえで対応方針や見通しを整理しやすくなります。

• 税務調査の事前通知を受けた直後で、準備の進め方に不安があるとき。
• 顧問税理士だけでは、法的な紛争や証拠関係の整理に不安があるとき。
• 役員・従業員・取引先との間で、事実関係の説明が分かれているとき。
• 重加算税、仮装・隠蔽、架空取引、横領・背任、粉飾などの疑いを指摘されたとき。
• 修正申告を勧められたが、内容に納得できないとき。
• 更正処分を受け、不服申立てを検討するとき。

よくある質問（ＦＡＱ）

まとめ

• 事前通知では、対象税目・期間・日時・場所などを正確に確認し、控えておく。
• 資料は作り替えず、既にある帳簿・証憑を整理して事実を正確に説明できるようにする。
• 顧問税理士がいる場合は連携を前提に、法的・会計的な論点は弁護士・公認会計士の関与も検討する。
• 修正申告は、指摘内容・根拠・税額・加算税・不服申立てとの関係を確認してから判断する。
• 処分に納得できないときは、期限に注意して不服申立てや更正の請求を検討する。