修正申告後でも税金は取り戻せる？更正の請求の期限と争い方 ｜神戸市（須磨・垂水・西神・北神）の弁護士｜初回相談無料｜

税務調査で修正申告に応じた後や、自分で申告した後に、税額が多すぎたのではないかと気づくことがあります。自分で提出した修正申告そのものに対して不服申立てをすることはできませんが、法律が定める要件と期限を満たせば、「更正の請求」によって税額の減額や還付を求められる場合があります。請求に対して「更正をすべき理由がない」旨の通知などを受けた後は、その処分に対する不服申立てを検討します。

ただし、請求ができること、請求が認められること、実際に税金が戻ることは、それぞれ別の問題です。本記事では、申告納税方式の国税（所得税、法人税、相続税、贈与税など）について、期限の数え方、請求の準備、通知を受けた後の争い方を整理します。地方税、源泉所得税の誤納額の還付、税理士に対する損害賠償の請求は扱いません。結論は、税目・年分・請求の理由・証拠によって変わります。

修正申告をした後でも、減額を求める方法はある

修正申告の取消しと更正の請求はどう違うか

修正申告は、税務署から勧められて提出した場合でも、納税者自身が行う申告です。税務署長の処分ではないため、修正申告そのものに対して不服申立て（再調査の請求や審査請求）をすることはできません。国税通則法第７４条の１１第３項も、調査結果に基づいて修正申告を勧める場合には、申告書を提出すると不服申立てはできないが更正の請求はできる旨を説明し、その旨を記載した書面を交付することとしています（国税庁の税務調査手続ＦＡＱ）。

つまり、修正申告をしても、更正の請求まで排除されるわけではありません。更正の請求は、申告した税額などの計算が税法の規定に従っていなかったこと、又は計算に誤りがあったことにより、納付すべき税額が過大となった場合などに、税務署長に減額の更正を求める手続です（国税通則法第２３条第１項）。純損失等の金額や還付金の額に相当する税額が過少であった場合や、記載がなかった場合も対象です。単に税負担が重い、申告の内容を変えたいという理由だけでは足りず、提出した修正申告書を撤回すれば元の税額に戻る、という仕組みでもありません。

また、請求書を提出しただけでは税額は減りません。税務署長が調査したうえで、減額の更正をするか、更正をすべき理由がない旨を通知します（同条第４項）。減額の更正によって納め過ぎが生じれば還付の対象になりますが、未納の税額が減るだけの場合や、法人税の欠損金額が増えるだけの場合もあります。ほかに納めるべき国税があれば、還付金がその納付に充てられる（充当される）こともあります（同法第５６条・第５７条）。

まず手元の書類で現在の段階を確かめる

どの手続を検討するかは、手元の書類で判断します。自分で提出した申告書と、税務署長の処分の通知とでは、使う手続も期限も異なります。

実地の調査に税理士等の税務代理人が関与していた場合、修正申告を勧められた際の書面は、本人の同意により税務代理人に交付されていることもあります（国税通則法第７４条の１１第４項）。また、更正の請求をしても、更正や加算税の賦課決定に対する不服申立ての期限は止まりません。反対に、それらの期限を過ぎたからといって更正の請求の余地が直ちになくなるとも限らないため、手続ごとに期限と要件を分けて確認します。

原則５年は修正申告の日から数えない

法定申告期限から数える原則と還付申告の例外

通常の更正の請求ができるのは、その国税の法定申告期限から原則５年以内です（国税通則法第２３条第１項）。法定申告期限は、法律の規定により申告書を提出すべき期限であり（同法第２条第７号）、修正申告の提出日、納付日、誤りに気づいた日とは異なります。修正申告をしても、期間が数え直しになることはありません。申告期限の延長の有無なども含め、税目・年分ごとに確認します。

仮定の例で確認します。法定申告期限が令和６年（２０２４年）３月１５日の所得税の申告について、令和８年（２０２６年）９月３０日に修正申告をしたとします。期限の延長や特則がなく、通常の５年の規定による場合、更正の請求の期限は令和１１年（２０２９年）３月１５日です。修正申告の日から数えた令和１３年（２０３１年）９月３０日ではありません。

例外として、所得税の確定申告の義務がない人が還付を受けるために申告した場合は、その還付申告書を提出した日から５年以内とされています（国税庁「所得税の更正の請求手続」）。申告義務のある人の申告や修正申告には当てはまらず、まだ還付申告をしていない人が申告できる期間とも別の問題です。

税目や請求の内容で異なる期間

期間は、税目や請求の理由によって異なります。主なものは次のとおりです。

法人税と相続税・贈与税の提出時期や添付書類は、国税庁の「法人税の更正の請求手続」「相続税・贈与税の更正の請求手続」で確認できます。

後から誤りに気づいただけでは期限は延びない

通常の期間を過ぎた後に請求できるのは、法律が定める後発的な理由がある場合に限られます。国税通則法第２３条第２項は、次の場合に、それぞれの日の翌日から２か月以内の請求を認めています。

• 申告の計算の基礎となった事実が、判決などによって申告とは異なると確定した場合（確定した日）
• 自分に帰属するとして申告していた所得などが他人に帰属するものとして、その人に更正や決定があった場合（更正・決定があった日）
• 法定申告期限の後に、政令で定めるやむを得ない理由が生じた場合（理由が生じた日）

判決の確定や他人への更正・決定を後から知った場合でも、数え始める日は、確定した日や更正・決定があった日のままです。また、申告書を提出した人については、この２か月の期間の末日が通常の期間の末日より後になる場合に使える特則です。後発的な理由が生じたことで、残っている通常の期間が２か月に短くなるわけではありません。

政令で定めるやむを得ない理由には、例えば、申告の基礎となった契約が解除権の行使によって解除された場合や、契約の成立後に生じたやむを得ない事情によって解除された場合などがあります（国税通則法施行令第６条第１項）。税負担を減らす目的で後から当事者の合意により契約を解消すれば当然に当たる、というものではありません。経費や控除の書き漏らしに後で気づいた、新しい資料が見つかった、他の人の似た事件で納税者の主張が認められた、といった事情だけで期限が延びるわけでもありません。

所得税には、資産の譲渡代金が回収できなくなった場合などに、その事実が生じた日の翌日から２か月以内に限って更正の請求ができる特例もあります（所得税法第１５２条）。ただし、一般の貸倒れのすべてに使えるものではなく、同条が対象とする事実と所得計算の要件に当たることが必要です。

更正の請求を認めてもらうために整理する資料

申告額と正しい税額をつなぐ再計算

更正請求書には、更正前と更正後の課税標準や税額、請求の理由、請求をするに至った事情の詳細などを記載します（国税通則法第２３条第３項）。理由の基礎となる事実を証明する書類も添付し、一定期間の取引に関する理由であれば、その取引の記録などに基づく書類を添付します（国税通則法施行令第６条第２項）。

実際には、どの税目・年分の、どの項目が、どの規定によれば、いくら過大になっているのかを、証拠と結び付けて示すことが中心になります。所得や控除の金額に誤りがあっても、納付すべき税額が過大になる、純損失等の金額が過少になるといった変動につながらなければ、更正の請求では是正できない場合があります。税務署の担当者の指摘に従って修正申告をしたという経緯だけでは、税額が過大だったことの証明にはなりません。

所得税の更正請求書は年分によって様式が分かれているため、国税庁の「所得税の更正の請求手続と書式」から対象年分の様式を選びます。取引や事実を示す資料は、当時の記録を集めて整理します。主張に合わせて当時の書類を後から作成したり、書き換えたりしてはいけません。

有利な選択への変更は認められないことがある

更正の請求は、申告の計算が法律の規定に従っていなかった場合や計算に誤りがあった場合に、それを正すための制度です。法律が認める範囲で適法に行った選択を、後から有利な方法へ自由に変えるための制度ではありません。

例えば、一定の上場株式等の配当等について、確定申告の際に選んだ課税の方法（申告不要とするか、申告分離課税か総合課税か）は、その後の修正申告や更正の請求で変更できないとされています（国税庁「上場株式等の配当等に係る申告分離課税制度」）。もっとも、控除の漏れや特例のすべてが同じ結論になるわけではありません。制度ごとに、申告の要件、届出、添付書類の要件を確認します。

「更正をすべき理由がない」旨の通知を受けたら

正式な通知と理由を確認する

請求の調査の途中で、税務署の担当者から口頭で「認めるのは難しい」といった見解を伝えられても、それだけで正式な判断がされたとは限りません。税務署長の判断は、減額の更正、又は更正をすべき理由がない旨の通知として示されます（国税通則法第２３条第４項）。届いた書類の名称、日付、判断の内容（全部を認めないのか、一部を認める更正なのか）、記載された理由、受け取った日を確認します。

請求の一部だけを認める減額の更正を受けた場合も、認められなかった部分について不服申立てをする余地があります（国税不服審判所「更正の請求に対する処分への不服申立て」）。担当者から請求の取下げを勧められた場合は、次の点を踏まえて判断します。取り下げると、その請求について税務署長の判断は示されず、不服申立ての対象となる処分もされないまま手続が終わります。また、取り下げても請求の期限は延びません。

再調査の請求と審査請求の期限

税務署長の通知処分に不服がある場合の主な期限は、次のとおりです（国税通則法第７７条）。手続の全体像は、国税庁の「国税の不服申立手続」で確認できます。

• 通知を受けた日の翌日から原則３か月以内に、処分をした税務署長等への「再調査の請求」か、国税不服審判所長への「審査請求」のどちらかを選んで行います。再調査の請求を経ずに、直接審査請求をすることもできます。
• 再調査の請求をした後の審査請求は、再調査決定書の謄本の送達を受けた日の翌日から原則１か月以内です。
• 最初の不服申立ては、処分があった日の翌日から１年を経過するとできなくなります。
• いずれの期間にも正当な理由がある場合の例外がありますが、例外を当てにして期限を過ぎることは避けます。

準備では、通知に書かれた理由を、期限の問題、法令の要件の問題、事実の認定の問題、計算の問題に分け、どの範囲の変更を求めるのか、どの資料で反論するのかを具体的にします。審査請求では、税務署側が提出する答弁書に対して反論書や証拠書類を提出したり、証拠書類等の閲覧や写しの交付を求めたりできます（国税不服審判所「審理と裁決」）。審判所が指定する提出期間や、審理の終結にも注意が必要です。

裁判に進む場合と納付への影響

税務署長の処分の取消しを求める訴え（取消訴訟）は、原則として、審査請求に対する裁決を経た後でなければ提起できません（国税通則法第１１５条第１項）。ただし、審査請求をした日の翌日から３か月を経過しても裁決がない場合などには、裁決を経ずに訴えを提起できる例外があります。

訴えは、裁決があったことを知った日の翌日から原則６か月以内に提起します。裁決の日から１年を経過したときも、正当な理由がない限り提起できません（行政事件訴訟法第１４条）。この場面で取消しを検討する対象は、主に、更正をすべき理由がない旨の通知など税務署長の処分（原処分）です。どの処分の取消しを求めるか、どの裁判所に訴えるかは、事案ごとに確認します。

また、更正の請求をしただけでは、その請求に係る国税の徴収は猶予されません。税務署長等が相当の理由があると認める場合に、徴収が猶予されることがあるにとどまります（国税通則法第２３条第５項）。税額が過大だと考えていることと、納期限までに納める必要があることは別の問題です。未納の税額がある場合は、減額を求める手続と並行して、納付や猶予について確認します。

遺産分割などが後で決まった場合は相続税の特則を確認する

相続税法第３２条の４か月を確認する

相続税には、申告の後に生じた一定の事由によって、申告した課税価格と相続税額が過大となった場合の特則があります。例えば、遺産が未分割のため民法の相続分などの割合で課税価格を計算していた後に分割が行われ、取得した財産の課税価格が変わった場合、相続人に異動が生じた場合、遺留分侵害額の請求に基づいて支払うべき金銭の額が確定した場合などです。これらの場合は、その事由が生じたことを知った日の翌日から４か月以内に更正の請求ができます（相続税法第３２条第１項）。修正申告をした後の課税価格と税額も、この特則の対象に含まれます。

この４か月は、国税通則法の判決などによる２か月の特則とは別の規定です。法定申告期限から５年以内だからといって分割を理由とする請求を後回しにし、分割を知った日の翌日から４か月を過ぎてしまうことは避けます。申告の時点から財産の評価や計算に誤りがあったことを理由とする請求は国税通則法の通常の更正の請求として、分割など後から生じた事由を理由とする請求は相続税法第３２条の特則として、それぞれの要件と期限を確認します。反対に、法定申告期限から５年を過ぎていても、同条の事由と期限に当たるかを確認する余地があります。

分割の内容によっては、税額が減る相続人だけでなく、増える相続人が生じることもあるため、相続人ごとに税額を再計算します。未分割で申告した財産について、分割後に配偶者の税額軽減や小規模宅地等の特例などの適用を受けようとする場合は、申告時の分割見込書の提出など特例ごとの手続の要件を、更正の請求の期限とは別に確認します（国税庁「未分割の相続財産に関する特例の手続」）。特例の適用や選択の変更が後から認められるかも、特例ごとに確認します。遺産分割の進め方と申告の関係は、遺産分割と相続税申告の確認事項で整理しています。

名義預金の帰属の認定と遺産分割後の調整は別の問題

税務調査で、家族名義の預金（いわゆる名義預金）が亡くなった方の財産と認定され、修正申告に応じた場合を考えます。その後、その預金はもともと名義人である家族の財産だったと主張するのであれば、修正申告での財産の帰属の判断がそもそも誤っていたことを理由とする請求となり、まず国税通則法の通常の更正の請求の期間と要件を確認します。

これに対し、修正申告で相続財産に加えた預金を、その後の遺産分割で誰が取得するかが決まった場合は、相続税法第３２条の事由に当たるかを検討します。前者は相続開始の時点で財産が誰のものだったかという帰属の問題、後者は相続財産であることを前提にした分け方の問題で、理由も期限も異なります。何が変わったのかを先に特定します。名義預金などの事実関係を確認する際は、相続税の税務調査に向けた準備も参考になります。

相談前に確認することと神戸の窓口

期限と書類を先に整理する

相談の前に、次の点を分かる範囲で整理しておくと、検討できる手続と期限を早く確認できます。

• 税目と年分（法人は事業年度）、現在の段階（修正申告済み、更正の請求済み、通知を受領済みなど）
• 法定申告期限、当初の申告と修正申告の提出日、通知を受け取った日
• 判決の確定日や遺産分割の成立日など後から生じた事由の日と、相続税法第３２条の事由ではそれを知った日
• 過大だと考える項目、その根拠となる規定、裏付けとなる証拠
• 減額の見込み額と、手続にかかる費用との釣り合い

期限が近い場合は、資料がそろうのを待たずに相談し、不足する資料を後から補う方法を個別に検討します。ただし、理由や計算を書かないまま書面だけを出しておけば期限を確保できる、と考えるのは避けます。

申告に関与した税理士の責任は、税額の是正とは別の問題です。責任の検討を理由に、更正の請求や不服申立ての期限の管理を後回しにしないようにします。税額の再計算や申告書類の作成を誰が担うか、法的な評価や不服申立て・訴訟への対応を誰が担うかも、早い段階で確認します。税務調査の場面での役割分担は、税務調査における弁護士・公認会計士等の役割で説明しています。

提出先と相談先を分ける

所得税の更正請求書は、納税地を所轄する税務署長に提出します。例えば、納税地が神戸市須磨区・垂水区であれば所轄は須磨税務署ですが、須磨税務署の案内では、書面を郵送で提出する場合の送付先として、税務署の所在地ではなく大阪国税局神戸業務センターが示されています。送付先の住所や窓口での相談の予約は、提出や相談の前に「須磨税務署の管轄・相談・郵送先の案内」で確認します。相続税は、相続人の現在の住所地だけで提出先を判断せず、相続税の納税地を確認します。

審査請求書は、処分をした税務署長（原処分庁）の管轄区域に対応する国税不服審判所に提出します。兵庫県内の税務署長の処分については、大阪国税不服審判所神戸支所が提出先として示されています（国税不服審判所「審査請求書の提出先」）。再調査の請求は処分をした税務署長等に対して行うため、提出先が異なります。