使用者の労働時間管理｜把握義務・記録・割増賃金の基礎 ｜淡路島（淡路・洲本・南あわじ）の弁護士｜初回相談無料｜弁護士法人ひょうご あわじみらい法律会計事務所

「タイムカードを押した後も従業員が仕事をしている」「管理職には残業代を払っていないが、労働時間の記録もしていない」「自己申告の残業時間とパソコンの使用記録が合わない」――。会社を経営し、または人事労務を担当していると、労働時間の管理について、このような迷いが生じる場面が少なくありません。使用者には従業員の労働時間を把握することが求められますが、そこで管理すべき「労働時間」は、タイムカードの打刻時刻や本人の申告と、必ずしも一致するとは限りません。

この記事では、労働時間に該当する範囲、始業・終業時刻の把握方法、客観的記録と自己申告制、管理監督者やテレワークの取扱い、法定労働時間・休憩・休日と３６協定、時間外労働の上限規制、端数処理と割増賃金、記録の保存期間、そして管理の不備が見つかったときの初動までを、法令と厚生労働省の資料に沿って、使用者・経営者・人事労務担当者の方に向けて整理します。個別の事情によって結論は変わりますので、最終的な判断は、就業規則や勤怠記録などの資料を確認したうえで行う必要があります。

結論｜使用者に求められる労働時間管理の全体像

先に要点をお示しします。使用者には、賃金を正しく計算し労働時間規制を守るために始業・終業時刻を確認・記録すること（労働基準法上の管理）と、従業員の健康を確保するために労働時間の状況を把握すること（労働安全衛生法上の把握）の、二つの目的からなる労働時間管理が求められます。これらは目的も根拠も対象者も異なるため、分けて考える必要があります。

そのうえで、管理すべき「労働時間」は、使用者の指揮命令下に置かれていたかという観点から実質的に判断されます。タイムカードの打刻や本人の自己申告は判断の出発点にすぎず、それだけで労働時間の全部が確定するわけではありません。反対に、打刻や申告に表れていない時間であっても、実際に指揮命令下にあれば労働時間と評価されることがあります。

まず整理｜労働時間管理で使用者が確認する項目

自社の労働時間管理を点検するときは、次の項目を順に確認すると、どこに問題があり得るかを把握しやすくなります。すべての事業者にすべての資料が必要というわけではなく、事業形態や採用している労働時間制度、問題となっている期間によって、確認すべき範囲は変わります。

「労働時間」とは何か｜指揮命令下にあったかで判断する

労働時間管理の出発点は、そもそも何が「労働時間」に当たるのかという点です。労働時間に該当するかどうかは、就業規則上の名称や、会社が形式的に労働時間として扱っているか、従業員本人が申告したかだけで決まるものではありません。実質的に使用者の指揮命令下に置かれていたと評価できるかという観点から判断されます。使用者が明確に命じた場合だけでなく、黙示の指示があったと評価される場合も含まれます。

よく問題になる「労働時間かどうか」の場面

次のような時間は、労働時間に当たるかどうかがしばしば問題になります。いずれも一律に労働時間である、または労働時間でないと断定できるものではなく、会社の指示の有無、業務上の必要性、その時間の過ごし方に自由があったか、場所的な拘束があったかといった事情によって結論が変わります。

• 始業前の準備、清掃、朝礼、業務終了後の片付けや引継ぎ
• 制服や作業着への着替え、保護具の装着
• 電話番や来客対応をしながらの休憩、いわゆる手待時間・待機時間
• 参加が事実上義務付けられている研修や教育
• 業務終了後のメールやチャットへの対応、持ち帰り業務
• 会社の許可を得ていない時間外労働や、始業時刻より大幅に早い出勤
• パソコンの起動・終了の時刻や、入退館記録とタイムカードの差

使用者が労働時間を把握する二つの法的理由

使用者が労働時間を管理する理由は一つではありません。目的の異なる二つの制度があり、これらを混同すると、「健康管理のために把握していれば賃金計算は不要」「管理職は残業代がないから記録も不要」といった誤解につながります。

労働基準法上の管理｜賃金計算と労働時間規制のため

一つ目は、労働基準法上の労働時間の管理です。使用者は、法定労働時間や割増賃金に関する規定（労働基準法第３２条・第３７条など）を適正に運用するために、労働日ごとの始業・終業時刻を確認し、記録する必要があります。この点について厚生労働省は、「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」（平成２９年１月２０日策定）を示しています。ガイドラインは、始業・終業時刻の確認・記録の原則的な方法として、使用者が自ら現認する方法か、タイムカード・ＩＣカード・パソコンの使用時間の記録などの客観的な記録による方法を挙げています。

労働安全衛生法上の把握｜健康確保と面接指導のため

二つ目は、労働安全衛生法上の「労働時間の状況」の把握です。使用者は、長時間労働をした従業員に対する医師の面接指導などを適切に行うため、タイムカードによる記録やパソコンの使用時間の記録等の客観的な方法その他の適切な方法により、労働時間の状況を把握しなければならないとされています（労働安全衛生法第６６条の８の３）。これは平成３１年（２０１９年）４月から求められている取扱いで、賃金計算のためというより、従業員の健康を確保するための仕組みです。

誰の労働時間を把握するのか｜雇用形態・管理監督者・テレワーク

労働時間管理の対象は、正社員に限られません。雇用形態や労働時間制度によって適用関係が異なるため、対象者ごとに整理する必要があります。

特に注意が必要なのは管理監督者です。管理監督者に当たる場合、労働時間・休憩・休日の規定は適用されませんが、深夜労働に対する割増賃金は必要であり、健康確保のための労働時間の状況の把握の対象にもなります。「管理職だから労働時間は一切記録しなくてよい」という理解は正確ではありません。また、労働基準法上の管理監督者に当たるかどうかは、部長・店長などの肩書だけで決まるものではなく、職務内容や権限、待遇などの実態によって判断されます。管理監督者の範囲そのものについては、別の記事で扱うべき論点ですが、肩書だけで判断していないかを確認しておくことが大切です。

適正な把握方法｜客観的記録と自己申告制

労働時間の把握方法には、使用者による現認、タイムカードやＩＣカード、入退館記録、ＰＣログ、勤怠管理システム、自己申告制などがあります。適正把握ガイドラインは、原則として、使用者が自ら現認する方法か、客観的な記録による方法によることを求めています。

客観的な記録による把握

タイムカード、ＩＣカード、パソコンの使用時間の記録などの客観的な記録を基礎とする方法が原則とされています。もっとも、これらの記録に表れた時間の全部が当然に労働時間になるわけではなく、反対に、打刻時刻だけを理由に実際に行われた労働を切り捨ててよいわけでもありません。記録はあくまで判断の基礎であり、実態との照合が前提になります。

自己申告制による把握

やむを得ず自己申告制によって把握する場合には、ガイドライン上、一定の措置を講じることが求められます。具体的には、自己申告を行う従業員や、時間を管理する者に対して適正な申告について十分に説明すること、自己申告した時間と、入退場記録やＰＣの使用時間などの客観的な記録との間に著しい差がある場合には実態を調査して必要な補正をすること、適正な申告を阻害しない措置を講じることなどが挙げられます。時間外労働の時間数に上限を設けて、それを超える申告を認めない運用や、実態と異なる過少な申告を求める運用は、適正な把握を妨げるものとして問題になり得ます。

複数の記録に差があるとき

タイムカードの打刻とＰＣログ、入退館記録との間に差がある場合、その差が労働時間なのか、私的な在館なのかは、実態を確認しなければ判断できません。差があること自体が直ちに違法になるわけではありませんが、差を放置したまま少ない方の記録だけで賃金を計算していると、後に未払いを指摘される場面につながることがあります。差の理由を確認し、記録を残しておくことが望まれます。

法定労働時間・休憩・休日と３６協定・上限規制

法定労働時間と所定労働時間

労働基準法第３２条は、原則として、使用者は労働者に、休憩時間を除き１週間について４０時間、１日について８時間を超えて労働させてはならないと定めています。常時１０人未満の労働者を使用する商業、映画・演劇業（映画の製作を除く）、保健衛生業、接客娯楽業の一定の事業場については、１週間の法定労働時間が４４時間とされる特例措置があります。これらの法定労働時間は、会社が就業規則などで定める所定労働時間とは異なる概念です。所定労働時間を超えても法定労働時間の範囲内であれば、法律上の割増賃金の対象とはならないなど、両者を区別して考える必要があります。

休憩と休日

使用者は、労働時間が６時間を超える場合は少なくとも４５分、８時間を超える場合は少なくとも１時間の休憩を、労働時間の途中に与えなければなりません（労働基準法第３４条）。また、原則として毎週少なくとも１回、または４週間を通じて４日以上の休日を与える必要があります（労働基準法第３５条）。就業規則で定めた休日（所定休日）と、法律上の休日（法定休日）は異なり、割増賃金の計算でも区別されます。

３６協定と時間外労働の上限規制

法定労働時間を超えて労働させ、または法定休日に労働させるには、労働基準法第３６条に基づく労使協定（３６協定）を締結し、労働基準監督署へ届け出る必要があります。３６協定がないまま法定労働時間を超えて労働させることは認められません。さらに、時間外労働には次のような上限が設けられています。

ここで注意したいのは、特別条項を結んでも、臨時的な特別の事情がある場合に限って上限の範囲内で例外的に認められるにすぎず、自由に上限を超えられるわけではないという点です。また、単月の１００時間未満と複数月平均の８０時間以内は、時間外労働に休日労働を含めて判断します。年７２０時間は休日労働を含まない数値であるなど、含む数値と含まない数値の違いにも注意が必要です。なお、建設業、自動車運転の業務、医師などについては、令和６年（２０２４年）４月から適用される特則があり、扱いが異なります。自社が特則の対象となるかは、業種ごとに個別に確認する必要があります。

端数処理と割増賃金

端数処理｜毎日の切り捨てはできない

労働時間の端数処理については、誤解が生じやすい点があります。まず、１日ごとの労働時間は１分単位で把握するのが原則で、毎日、１５分未満や３０分未満の労働時間を一律に切り捨てることはできません。他方で、事務の簡便のため、１か月における時間外労働・休日労働・深夜労働の各時間数を合計した結果に１時間未満の端数が生じた場合に、３０分未満を切り捨て、３０分以上を１時間に切り上げる処理は、行政上認められています。これは月単位で合計したあとの端数についての取扱いであり、毎日の労働時間を切り捨てる根拠にはなりません。「労働時間は１５分単位でよい」「法律に１分単位と書いてある」といった表現は、いずれも正確ではありません。

割増賃金｜率と基礎となる賃金

法定労働時間を超える時間外労働、深夜労働、法定休日労働には、割増賃金を支払う必要があります（労働基準法第３７条）。主な割増率は次のとおりです。

時間外労働と深夜労働が重なる場合など、複数の割増事由が重なるときは、それぞれの割増率を合算します。たとえば、月６０時間を超える時間外労働が深夜に及ぶ場合は、５０％と２５％を合わせた率になります。また、割増賃金の基礎となる賃金からは、家族手当、通勤手当、別居手当、子女教育手当、住宅手当、臨時に支払われた賃金、１か月を超える期間ごとに支払われる賃金などが除かれます。もっとも、これらに当たるかどうかは手当の名称だけで決まるものではなく、支給の実態によって判断されます。たとえば、住宅手当という名称でも、住宅費用に応じて支給額が変わらず一律に支払われている場合には、除外できないことがあります。固定残業代（定額残業代）を採用している場合の考え方は、次の記事で扱っています。

固定残業代制度についての解説を読む

よく問題になるケースと確認の視点

実務では、次のような場面で労働時間の扱いが問題になります。いずれも、確認すべき資料と、判断を左右する事情を押さえることが出発点になります。ここで挙げるのは一般的な検討場面であり、結論はいずれも個別の事情によって変わります。

これらの場面で共通して避けるべきなのは、過去の打刻や勤怠データを遡って書き換えること、記録を消去・上書きすること、３６協定や帳簿を後から作成して当初から存在したように見せることです。こうした対応は、それ自体が新たな問題を生み、後の交渉や手続で不利に働くおそれがあります。判断に迷う場面や、従業員・労働組合・労働基準監督署への回答を控えている場面では、回答の前に資料を整理し、必要に応じて確認しておくことが考えられます。

会社が行う勤怠管理の点検手順

自社の労働時間管理を点検する際は、次のような手順で進めると、問題の範囲と対象者を整理しやすくなります。

1. 就業規則、賃金規程、雇用契約書、労働条件通知書の内容を確認する
2. ３６協定の締結・届出の状況と、特別条項の有無・範囲を確認する
3. 勤怠記録の種類（タイムカード、ＩＣカード、入退館記録、ＰＣログ、勤怠システム、自己申告）を洗い出す
4. 各記録の間に差がないか、差がある場合の理由を確認する
5. 勤怠記録と給与計算（割増賃金・端数処理・基礎賃金）が整合しているかを確認する
6. 自己申告制を採用している場合は、説明・実態調査・補正の運用を確認する
7. 長時間労働者の有無と、健康確保のための対応状況を確認する
8. 問題があり得る期間と対象者を特定する
9. 既存の勤怠データを書き換えず、原本のまま保全する
10. 是正の方針と、従業員への説明方法を検討する

手続・回答前に確認したい資料チェックリスト

制度を変更する前、従業員や労働基準監督署へ回答する前には、少なくとも次の資料を確認しておくと、検討がしやすくなります。すべての事業者にすべてが必要というわけではなく、事業形態や問題となる期間によって異なります。

• 就業規則、賃金規程、雇用契約書、労働条件通知書
• ３６協定、変形労働時間制やみなし労働時間制に関する協定・規程、年間カレンダー、シフト表
• タイムカード、ＩＣカード記録、入退館記録、ＰＣログ、勤怠管理システムのデータ
• 残業申請書、日報、業務メールやチャットの履歴
• 給与明細、賃金台帳、時間単価の計算資料
• テレワーク規程、長時間労働者への面接指導などの記録
• 従業員や労働基準監督署から届いた書面

弁護士に相談する場面

次のような場面では、早めに確認しておくことで、資料の整理や対応方針の検討がしやすくなります。相談は結果を保証するものではありませんが、法律上の見通しや対応の順序を整理するために役立ちます。

• 勤怠管理制度を新たに導入し、または変更しようとするとき
• 自己申告制へ変更する前、３６協定を締結・更新する前
• 管理監督者の範囲や、固定残業代制度を見直すとき
• タイムカードの打刻とＰＣログに大きな差があることに気づいたとき
• 従業員から未払残業代を請求され、または労働組合から団体交渉を申し入れられたとき
• 労働基準監督署から連絡や資料提出の依頼を受けたとき
• 過去の給与計算を見直す必要が生じたとき、長時間労働による健康問題が生じたとき

相談によって、確認すべき資料の整理、労働時間に当たる範囲の検討、従業員や行政機関への回答方針の検討、制度の見直し手順の整理などを行うことができます。継続的な労務管理の体制づくりについては、顧問契約を含めて検討することも考えられます（末尾に法律顧問ページへの案内があります）。

まとめ

• 使用者の労働時間管理には、賃金計算・労働時間規制のための管理と、健康確保のための把握という二つの目的があります。
• 「労働時間」に当たるかは、名称や申告ではなく、実質的に指揮命令下にあったかで判断されます。
• 毎日の労働時間は１分単位で扱う必要があり、１５分単位などで一律に切り捨てることはできません。
• 管理に不備があっても、未払賃金や安全配慮義務違反が当然に確定するわけではなく、実態の確認が必要です。
• 勤怠記録に問題が見つかっても、記録を書き換えず、まず保全したうえで、対象期間と是正方針を検討することが大切です。